للدكتور موسي الحسيني العديد من الكتب المهمة و منها:

1)المقاومة العراقية و الارهاب الامريكي و يعتبر من أهم الكتب التي تناولت المقاومة العراقية و الان يعتبر الكتاب بمثابة المرشد الفكري للمقاومين في داخل العراق.

2)ساطع الحصري و الخطاب الطائفي الجديد: و يتناول الكتاب ما خلف السطور من مخططات أستخباراتية ضد الامة العربية و هو من الكتب المهمة جدا , ة يتناول فيها الدكتور موسي كيفية ممارسة التزييف و الكذب علي الامة و تلبيس الاكاذيب ثوب الحقيقة.

3) كتاب العسكر و السياسة : حيث توقع الدكتور موسي الحسيني و كتب كل ما سيجري في المستقبل للعراق قبل أن يجري , و هو بمثابة كتاب تنبيء بكل ما حدث للعراق و هو ما حدث بالفعل بعد صدور الكتاب و حذر الدكتور موسي الحسيني من خطر أستهداف العراق و الكتاب كان موجها للنخب السياسية العراقية يحذرها من مخاطر ما سيجري اذا تم السير في المشاريع الغربية , و هو وثيقة مهمة جدا حاربها من هو الان في حضن الامريكان و كذب ما جاء فيها أنذاك عند صدور الكتاب و لكن الزمن أثبت صدقية ما جاء في هذا الكتاب من أمور مستقبلية و تم أثبات عبقرية قراءة الدكتور موسي للمستقبل.

4) للدكتور موسي كتاب باللغة الانجليزية يتضمن التجربة الناصرية و تأثيراتها علي واقع العلاقات الدولية , و هو كتاب خطير جدا جدا , رفضت كل دور النشر الاوروبية نشره , و حسب معلوماتي فأن هناك ضغط علي الدكتور موسي الحسيني من العديد من أتباعه للعمل علي سرعة نشر الكتاب باللغة العربية و لكن تكمن المشكلة في تطرق الكتاب الي الكثير من الاسرار و الامور الخفية التي أثبتها الدكتور موسي بالمصادر المحكمة مما يصعب نشر الكتاب.

5) المرجعية الاسلامية الشيعية : كتاب مهم تحت الطبع .